潘玮华课题组

潘玮华课题组

PanWeihua Lab

课题组长

潘玮华，研究员，博士生导师。2019年获美国加州大学河滨分校博士学位，2019-2020年在美国卡内基梅隆大学从事博士后研究。长期从事基因组序列分析相关的算法开发与应用研究，近五年主要成果以最后通讯作者发表在Nature Genetics、Genome Biology、Genome Research、Advanced Science等期刊。主持国家自然科学基金面上项目、青年科学基金（C类）、中国农科院青年创新专项项目（150万）等。担任ISCB-China理事、中国生物信息学学会（筹）基因组信息学专委会和生物信息算法专委会委员、中国生物工程学会计算生物学与生物信息学专委会委员等。

课题组联系方式：潘玮华（panweihua@caas.cn）、张纤纤（zhangqianqian@caas.cn）

工作经历

2020.09-至今 中国农业科学院（深圳）农业基因组研究所，研究员

2019.09-2020.08 美国卡内基梅隆大学，Lane Fellow（博士后）

教育经历

2014.09-2019.09 美国加州大学（河滨分校），计算机科学，博士

2016.09-2018.06 美国加州大学（河滨分校），统计学，硕士

2011.09-2014.06 中国科学技术大学，计算机软件与理论，硕士

2007.09-2011.06 南京师范大学，计算机科学与技术，学士

研究方向

本团队主要从事基因组学相关的生物信息学算法研究。目前尤其关注于基因组组装、序列比对、图泛基因组、基因组大语言模型等关键性计算问题和计算模型。将前沿的基因组学技术，如PacBio HiFi，Oxford Nanopore，Hi-C，BioNano，10x Genomics等，与先进的计算技术，如组合优化算法、图论、概率统计、人工智能等相结合，开发新颖、准确、高效的算法用于攻克本领域尚未解决或完全解决的难题。并将开发的算法技术应用于科研项目，辅助解决重大科研问题。

论文发表情况

1. Zhang, X.#, Lan, L.#, Yang, Y.#, Guan, H.#, Peng, D., Jiang, H., Wu, Q., Huang, R., Liao, X., Lin, S., Gong, D., Huang, B., Bellot, C., Szécsi, J., Bao, M., Bendahmane, M.*, Fu, X.*, Wu, Z.*, Pan, W*. Pangenomic analyses of rose uncover widespread structure variation and empower genomics-directed breeding. Nature Genetics, 2026.

2. Xu, D.#, Zhao, X.#, Shang, L.#, Tian, S.#, Li, Y.#, Wen, H., Xu, Q., Li, D.*, Pan, W*. Time-Efficient and Informatic-Skill-Light Gap-Filling for Telomere-to-Telomere Genome Assembly. Advanced Science, 2026.

3. Jiang, Z.#, Pan, W.#, Gao R., Hu R., Gao W., Zhou M., Yin, Y., Qian, Z., Jin, S., Wang, G*. Reference-Guided Chromosome-by-Chromosome de novo Assembly at Scale Using Low-Coverage High-Fidelity Long-Reads with HiFiCCL. Advanced Science, 2026, 13(13).

4. Wen, H.#, Yang, R.#, Zhao, X., Wang, X., Lei, J., Li, Y., Du, W., Li, D., Xu, Y., Lonardi, S.*, Pan, W*. TRFill: synergistic use of HiFi and Hi-C sequencing enables accurate assembly of tandem repeats for population-level analysis. Genome Biology, 2025, 26(227).

5. Yu, W.#, Luo, H.#, Yang, J.#, Zhang, S.#, Jiang, H.#, Zhao, X., Hui, X., Sun, D., Li, L., Wei, X.*, Lonardi, S.*, Pan, W*. Comprehensive assessment of 11 de novo HiFi assemblers on complex eukaryotic genomes and metagenomes. Genome Research, 2024, 34(2): 326-340.

6. Xu, D.#, Yang, J.#, Wen, H.#, Feng, W., Zhang, X., Hui, X., Yue, J., Xu, Y.*, Chen, F.*, Pan, W*. CentIER:Accurate centromere identification for plant genomes. Plant Communications, 2024, 5(17) .

7. Lu, Y.#, Yang, J.#, Li, C.#, Tian, Y., Chang, R., Kong, D., Yang, S., Wang, Y., Zhang, Y., Zhu, X.*, Pan, W*., & Kong, S*. Efficient and easy-to-use capturing three-dimensional metagenome interactions with GutHi-C. iMeta, 2024, 3(5), e227.

8. Ding, L.#, Wu, S.#, Hou, Z.#, Li, A., Xu, Y., Feng, H., Pan, W*., & Ruan, J*. Improving error-correcting capability in DNA digital storage via soft-decision decoding. National science review, 2023, 11(2), nwad229.

9. Shang, L.#*, He, W.#, Wang, T.#, Yang, Y.#, Xu, Q.#, Zhao, X.#, Yang, L., Zhang, H., Li, X., Lv, Y.,  Chen, W., Cao, S., Wang, X., Zhang, B., Liu, X., Yu, X., He, H., Wei, H., Leng, Y., Shi, C., Guo, M., Zhang, Z., Zhang, B., Yuan, Q., Qian, H., Cao, X., Cui, Y., Zhang, Q., Dai, X., Liu, C., Guo, L., Zhou, Y., Zheng, X., Ruan, J., Cheng, Z., Pan,W*., Qian Q*. A complete assembly of the rice Nipponbare reference genome. Molecular Plant, 2023, 16:1232-1236.

10. Xu, D.#, Yang, Y.#, Gong, D.#, Chen, X.#, Jin, K., Jiang, H., Yu, W., Li, J*., Zhang, J.*, & Pan, W*.GFAP: ultrafast and accurate gene functional annotation software for plants. Plant Physiology, 2023, 193(3), 1745-1748.