成果快讯 | 2026年第二季度科研成果合集速览

基因组所（大鹏湾实验室）第二季度（4月-6月）科研成果速览。

成果目录（按论文发表时间排序）：

1.“一管式”分子检测技术发布

2.首个月季泛基因组图谱发布

3.给马铃薯基因转录剪接装上“精准导航”

4.肠道菌群助力鼻咽癌诊断

5.植物星球计划发布

6.油茶籽油掺伪快速鉴别有了新进展

7.豇豆泛基因组发布

8.解开甘蔗“甜蜜进化史”

9.链霉菌“帮助”香蕉抵抗枯萎病

10.猪发育有了“细胞地图”

11.组学赋能基因编辑畜禽环境安全评估

12.破解三尖杉抗癌天然药物生物合成难题

13.新算法绕过甘蔗比对迷宫

14.轻量型猪基因组基础模型发布

15.果皮微生物预测荔枝货架期

16.解锁远志“健脑抗抑郁”分子密码

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“一管式”分子检测技术发布

2026年4月11日，中国农业科学院深圳农业基因组研究所（岭南现代农业科学与技术广东省实验室深圳分中心）王鑫杰团队联合吉林大学、吉林大学第一医院等在学术期刊《生物技术趋势（Trends in biotechnology）》在线发表了题为“A universal light-controlled highly sensitive one-pot CRISPR/Cas12a diagnostic based on structure-engineered crRNA”的研究论文。该研究巧妙地在CRISPR RNA（crRNA）的茎环结构上安装了一个光控“开关”，开发出名为ULTRAt的通用型光控高灵敏一锅法检测平台，成功解决了现有检测技术灵敏度与便捷性难以兼顾的难题，对推动分子诊断与生物检测技术向便携化、智能化与普惠化发展具有重要意义。

论文链接：https://doi.org/10.1016/j.tibtech.2026.03.018

扩展阅读：Trends in Biotechnology丨光控“开关”让CRISPR诊断灵敏度提升百倍

首个月季泛基因组图谱发布

2026年4月16日，中国农业科学院深圳农业基因组研究所（岭南现代农业科学与技术广东省实验室深圳分中心）潘玮华团队、武志强团队联合华中农业大学、佛山鲲鹏现代农业研究院，青岛农业大学等在《自然·遗传学（Nature Genetics）》上在线发表了题为“Pangenomic analyses of rose uncover widespread structure variation and empower genomics-directed breeding”的研究论文。该研究构建全球首个单倍型解析月季泛基因组图谱，系统解析蔷薇亚属种质资源。该成果有望推动月季育种从传统经验模式向精准设计跨越，开启产业高质量发展的“第二次育种革命”。

论文链接：https://www.nature.com/articles/s41588-026-02569-z

扩展阅读：Nature Genetics | 基因组所联合多家单位绘制首个月季泛基因组图谱，开启月季精准育种新时代

给马铃薯基因转录剪接装上“精准导航”

2026年4月20日，中国农业科学院深圳农业基因组研究所（岭南现代农业科学与技术广东省实验室深圳分中心）张春芝/陈凯园课题组分别在《植物学报（Journal of Integrative Plant Biology）》和《园艺研究（Horticulture Research）》期刊发表了题为“Optimized TadA-derived base editors efficiently manipulate mRNA splicing by A-to-G and C-to-K editing in potato”和“Boosting cytosine base editing in potato through synergistic optimization”的研究论文。研究团队通过筛选多种腺苷脱氨酶和胞苷脱氨酶，成功开发出了适用于马铃薯的高效腺嘌呤编辑工具ABE、胞嘧啶编辑工具CBE和双碱基编辑工具DBE，为马铃薯精准基因编辑和可变剪接调控提供了高效工具和技术方法。

论文链接：https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/jipb.70263

扩展阅读：给马铃薯基因转录剪接装上“精准导航”

肠道菌群助力鼻咽癌诊断

2026年4月28日，中国农业科学院深圳农业基因组研究所（岭南现代农业科学与技术广东省实验室深圳分中心）刘永鑫团队与中山大学肿瘤防治中心唐林泉课题组等合作在国际期刊《肠道（Gut）》发表了题为“Metagenomic identification of gut microbiome signatures for accurate diagnosis and prognostic prediction of Epstein-Barr virus-associated nasopharyngeal carcinoma”的研究论文。研究发现，鼻咽癌患者呈现显著的肠道菌群失调，并且这些变化与血浆EBV DNA水平显著相关；肠道微生物标志物展现出良好的诊断性能，尤其是与EBV标志物整合后其诊断性能显著提升；特定菌种与鼻咽癌预后显著相关，预后相关菌种特征也和免疫抑制性肿瘤微环境存在关联。该研究揭示了鼻咽癌患者特异性肠道菌群能够用于鼻咽癌患者的高效诊断和预后预测。

论文链接：https://doi.org/10.1136/gutjnl-2026-338223

扩展阅读：Gut | 基因组所刘永鑫课题组利用肠道菌群助力鼻咽癌诊断

植物星球计划发布

2026年4月30日，中国农业科学院深圳农业基因组研究所（岭南现代农业科学与技术广东省实验室深圳分中心）在《细胞（Cell）》上发表题为“PLANeT: Understanding and leveraging the genome of land plants for a sustainable future”的论文，系统揭示了当前陆地植物基因组资源的匮乏现状：截至2024年12月31日，高达95%的属、70%的科和51%的目缺乏参考基因组，严重阻碍了进化与功能基因组学研究。针对这一挑战，研究团队提出了名为植物星球计划(PLANeT)的国际合作倡议，旨在通过生成覆盖整个植物生命树的高质量、标准化参考基因组，并整合人工智能技术，解析保守的基因组语法规则。这一倡议对于推动基础植物生物学发展、生物多样性保护、作物改良以及天然产物药物发现具有里程碑式的重大意义。

论文链接：https://www.cell.com/cell/fulltext/S0092-8674(26)00113-3

扩展阅读：Cell | 基因组所发起植物星球计划，为植物基因组绘制“智慧地图”

油茶籽油掺伪快速鉴别有了新进展

2026年5月5日，中国农业科学院深圳农业基因组研究所（岭南现代农业科学与技术广东省实验室深圳分中心）王鑫杰课题组在《食品化学（Food Chemistry）》发表了题为“Rapid identification of binary and ternary adulteration in camellia oil by CRISPR/Cas12a assay”的综述论文和研究论文。研究团队聚焦食品质量安全领域高灵敏、便捷化分子检测技术需求，基于RPA-CRISPR/Cas12a体系，成功实现了油茶籽油二元及三元掺伪的快速鉴定。该方法成本可控、设备依赖性低、实操简便，可为复杂食用植物油体系的掺伪鉴别提供新的技术参考。同时，该研究进一步完善了团队在食品真伪溯源、快速检测方向的研究体系，为食品品质管控与安全筛查提供了重要支撑。

论文链接：https://doi.org/10.1016/j.foodchem.2026.149501

扩展阅读：油茶籽油掺伪快速鉴别有了新进展

豇豆泛基因组发布

2026年5月20日，中国农业科学院深圳农业基因组研究所（岭南现代农业科学与技术广东省实验室深圳分中心）陶永富团队与昆士兰大学Emma Mace团队在《自然·通讯 (Nature Communications) 》发表了题为“Pan-genome analysis uncovers extensive structural variations in Africa's indigenous legume crop cowpea”的研究论文。该研究通过组装20份覆盖全球遗传多样性的豇豆高质量基因组，结合已发表的6个参考基因组构建了首个豇豆图形泛基因组，系统构建了豇豆的结构变异图谱，揭示了结构变异在豇豆亚种分化和荚长、每荚粒数等关键农艺性状调控中的核心作用。不仅为豇豆重要农艺性状解析提供了全新视角，也为耐逆、高产、优质豇豆新品种培育提供了重要理论基础和分子工具。

论文链接：https://www.nature.com/articles/s41467-026-73494-2

扩展阅读：Nature Communications | 基因组所陶永富团队联合昆士兰大学绘制豇豆泛基因组图谱，揭示豆荚长度调控遗传机制

揭开甘蔗 “甜蜜进化史”

2026年5月27日，中国农业科学院深圳农业基因组研究所（岭南现代农业科学与技术广东省实验室深圳分中心）张兴坦团队联合中国热带农业科学院、云南省农业科学院、福建农林大学、广西大学等10余家单位，在国际顶级学术期刊《自然（Nature）》上发表了题为“Genetic architecture of sugarcane traits in a polyploid genomics framework”的研究论文。该研究针对多倍体基因组分析核心难题，自主开发出成套分析工具，首次成功构建了栽培甘蔗“蔗王”的全染色体完整基因组，并揭示了甘蔗从野生植物驯化为全球最主要产糖作物的遗传密码。该研究不仅为多倍体基因组学分析提供新方法，也为开展高糖含量甘蔗精准育种指明方向。

论文链接：https://www.nature.com/articles/s41586-026-10576-7

扩展阅读：Nature | 基因组所张兴坦团队破译栽培甘蔗基因组，揭开甘蔗 “甜蜜进化史”

链霉菌“帮助”香蕉抵抗枯萎病

2026年6月3日，中国农业科学院深圳农业基因组研究所（岭南现代农业科学与技术广东省实验室深圳分中心）程旭团队与中国热带农业科学院热带生物技术研究所谢江辉、王尉团队合作在《自然·通讯（Nature Communications）》在线发表了题为“Streptomyces sesquiterpenes elicit 10-HCA secretion and recruit disease-suppressive microbiota to enhance banana Fusarium wilt resistance”的研究论文。该研究揭示了链霉菌通过产生的倍半萜类挥发物作为激发子，诱导香蕉根系分泌10-羟基癸酸，进而特异性富集具有抑病能力的芽孢杆菌类群，显著增强了香蕉对枯萎病的抗性。

论文链接：https://www.nature.com/articles/s41467-026-73928-x

扩展阅读：Nature Communications | 基因组所程旭课题组联合中国热带农业科学院揭示链霉菌调控香蕉抗病的微生物互作机制

猪发育有了“细胞地图”

2026年6月4日，中国农业科学院深圳农业基因组研究所（岭南现代农业科学与技术广东省实验室深圳分中心）李奎团队联合中国农业科学院北京畜牧兽医研究所、格致博雅生物科技有限公司等在《宏基因组（iMeta）》上在线发表题为“A spatiotemporal single‑cell atlas of porcine development reveals regulatory dynamics and cellular targets of domestication”的研究论文。该研究成功构建了猪发育跨组织单细胞转录组图谱，系统揭示了猪多个器官协同发育的细胞动态和分子调控机制，为理解哺乳动物发育、指导精准育种以及推动猪作为生物医学模型应用提供了重要资源。

论文链接：https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/imt2.70135

扩展阅读：https://www.agis.org.cn/xwzx/kyjz/a9035285aee747359d9b9912f1bb5bb5.htm

组学赋能基因编辑畜禽环境安全评估

2026年6月5日，中国农业科学院深圳农业基因组研究所（岭南现代农业科学与技术广东省实验室深圳分中心）樊自尧团队、李奎团队联合农业农村部科技发展中心，在《生物技术趋势（Trends in Biotechnology）》在线发表了题为“Omicspowered environmental safety assessment framework for geneedited livestock”的前瞻性文章，提出了一套创新的层级式、迭代式组学赋能的环境安全评价框架。该框架遵循三个核心原则：个案评价（不同编辑策略影响不同，提出依赖T2T测序的“全基因组分子特征”的新概念）、早期整合（组学数据在评价初期提供方向性线索，而非做出安全性结论）、无罪推定（通过高效的真实试验验证组学线索，避免无限测试）。

论文链接：https://doi.org/10.1016/j.tibtech.2026.05.016

扩展阅读：https://www.agis.org.cn/xwzx/kyjz/b32895de145148be8e6baeebc6db0edf.htm

破解三尖杉抗癌天然药物生物合成难题

2026年6月11日，中国农业科学院深圳农业基因组研究所（岭南现代农业科学与技术广东省实验室深圳分中心）闫建斌团队与北京大学雷晓光团队合作，在《细胞（Cell）》杂志上发表了题为“Complete biosynthesis of the anticancer cephalotaxinone and homoerythratine”的研究论文。该研究首次阐明了两类三尖杉抗癌生物碱的完整生物合成通路，并成功在本氏烟草中实现两条合成通路的异源重构。该项成果填补了三尖杉生物碱合成领域长期存在的知识与技术空白，为进一步利用合成生物学手段量产高三尖杉酯碱、保护濒危药用植物资源奠定了坚实基础，是植物天然药物生物合成与生物制造领域中里程碑式的科学突破。

论文链接：https://www.cell.com/cell/fulltext/S0092-8674(26)00656-2

扩展阅读：Cell | 基因组所闫建斌团队与北京大学雷晓光团队合作破解三尖杉抗癌天然药物生物合成难题

新算法绕过甘蔗比对迷宫

2026年6月12日，中国农业科学院深圳农业基因组研究所（岭南现代农业科学与技术广东省实验室深圳分中心）张兴坦团队在《自然·遗传学（Nature Genetics）》上在线发表题为“A k-mer-based genome-wide association study approach empowering gene mining in polyploids”的研究论文。该研究通过开发多倍体基因组关联分析新方法KMERIA，绕过了传统序列比对和变异检测，直接利用k-mer拷贝数捕捉多倍体剂量效应，攻克了多倍体复杂基因组GWAS难题。该研究不仅为多倍体作物重要农艺性状的深度解析打开了全新大门，也为小麦、甘蔗、甘薯等大宗作物的精准设计育种提供了强有力的底层算法与分子工具。

论文链接：https://www.nature.com/articles/s41588-026-02641-8

扩展阅读：Nature Genetics | 绕过比对迷宫，基因组所张兴坦团队开发多倍体全基因组关联分析新方法

轻量型猪基因组基础模型发布

2026年6月19日，中国农业科学院深圳农业基因组研究所（岭南现代农业科学与技术广东省实验室深圳分中心）李奎团队在《生物信息学简报（Briefings in Bioinformatics）》上在线发表题为“Porcine MutBERT: A Family of Lightweight Genomic Foundation Models for Functional Element Prediction in Pigs”的研究论文。该研究首次构建了面向猪的轻量型基因组语言模型体系Porcine MutBERT及多任务评测平台PorcineBench，实现了对猪基因组功能元件的高效精准预测。

论文链接：https://doi.org/10.1093/bib/bbag319

扩展阅读：https://www.agis.org.cn/xwzx/kyjz/34fa1fef62964e5f95e2802a347f1e9a.htm

果皮微生物预测荔枝货架期

2026年6月25日，中国农业科学院深圳农业基因组研究所（岭南现代农业科学与技术广东省实验室深圳分中心）刘永鑫团队在《中国科学：生命科学（Science China Life Sciences）》发表了题为“Time-series dynamics and biocontrol potential of postharvest bacteria in litchi microbiota”的研究论文，揭示了采后荔枝果皮微生物菌群落的动态演替规律，并建立了基于微生物标志物的货架期预测模型。同时，从果皮中成功分离到一株高效生防菌株葡糖杆菌属（Gluconobacter sp. Lc45），其对荔枝霜疫霉和炭疽病的抑制率超过63%，为开发绿色、安全的采后保鲜技术提供了全新策略。

论文链接：https://doi.org/10.1007/s11427-025-3302-x

扩展阅读：https://www.agis.org.cn/xwzx/kyjz/73036ad03e9d41c589aeaca289adbb1b.htm

解锁远志 “健脑抗抑郁” 分子密码

2026年6月29日，中国农业科学院深圳农业基因组研究所（岭南现代农业科学与技术广东省实验室深圳分中心）李伟团队联合周绍群团队在《植物杂志（The Plant Journal）》上在线发表题为“Independent recruitment of enzymes for phenylpropanoid sucrose ester biosynthesis in Polygala tenuifolia”的研究论文。该研究成功解析药用植物远志的高质量基因组，并鉴定得到与药效有关的关键合成酶，为远志的分子育种、道地药材品质提升提供了关键基因靶点，也为中药来源的新药研发提供了新思路。

论文链接：https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/tpj.71000

扩展阅读：https://www.agis.org.cn/xwzx/kyjz/cdda41fe9db043c7b2b89fc7b0653e9c.htm