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孔思远课题组

孔思远.png

姓名:

孔思远

职称:

Pre-PI,副研究员,硕士生导师,入选国家博新人才支持计划、深圳市优秀科技创新人才培养计划,中国农业科学院优秀博士后

电话/传真:


电子邮件:

kongsiyuan@caas.cn

实验室主页:


研究方向:

从事高精度多组学技术研发及应用,为动物遗传育种提供新技术,以及家畜(猪)和模式动物(小鼠)的三维转录调控与细胞工程研究


 简历介绍:


孔思远,副研究员,硕士生导师,基因组所动物基因组中心Pre-PI,国家“博士后创新人才支持计划”、深圳市优秀科技创新人才培养计划(博士)入选者,中国农业科学院“优秀博士后”获得者。


中国农业科学院博士,中国农业科学院深圳农业基因组研究所副研究员,中国农业科学院深圳研究生院教师,广西壮族自治区巴马香猪资源开发工程研究中心副研究员,巴马瑶族自治县乡村振兴研究院副研究员,华中农大、广西大学、青岛农大等联培高校硕士生导师,基因组所科研第五党支部书记,华中农大-基因组所联合培养研究生临时党支部指导教师,农业农村部畜禽生物组学重点实验室成员,中国细胞生物学学会会员,深圳市农村科技特派员。相关研究以第一或通讯作者(含共同)在Nucleic Acids Research、Cell Biology and Toxicology、Diabetes-metabolism Research and Reviews等杂志发表英文论文9篇,其中SCI文章8篇。授权专利4项。获得国家自然科学基金青年项目、国家博新计划、中国博士后基金面上项目、广东省自然科学基金面上项目和深圳市优秀科技创新人才培养计划等项目支持。获得吴常信动物遗传育种优秀论文奖、全国动物遗传育种学术讨论会优秀论文特等奖、中国农业科学院优秀博士后等奖励。担任国家自然科学基金委评议人,Animal Research and One Health、Agriculture Communications和iMeta优秀国产英文期刊青年编委,Journal of Integrative Agriculture、Frontiers in Cell and Developmental Biology审稿专家。


工作经历:

2021.04-至今             中国农业科学院深圳农业基因组研究所         Pre-PI,课题组长

2021.04-至今             中国农业科学院深圳农业基因组研究所         副研究员

2021.04-至今             中国农业科学院深圳农业基因组研究所         博士后研究员

2020.01-2021.03       中国农业科学院深圳农业基因组研究所         研究助理


教育经历:

(2022.11 深圳改革开放干部学院,市直机关工委支部书记示范培训班,结业证书)

2015.09-2019.12      中国农业科学院                                           生物化学与分子生物学          理学博士学位

2012.09-2015.07      中国农业科学院北京畜牧兽医研究所            动物遗传育种与繁殖              农学硕士学位

2009.09-2012.07      山东农业大学外国语学院                             英语双专业                           文学学士学位

2008.09-2012.07      山东农业大学动物科技学院                         动物科学                               农学学士学位


所获荣誉:

2023.09, 中国农业科学院2022-2023学年“优秀教师团队”教师教学奖

2023.03, 中国农业科学院优秀博士后

2023.02, 中国农业科学院农业基因组研究所年度优秀博士后(2021、2022)

2018.12, 中国农业科学院&三仪集团“三仪最佳论文奖”

2018.05, 中国农业科学院农业基因组研究所“五一模范青年”

2017.12, 中国农业科学院&大北农集团“大北农励志奖学金”

2016.11, 中国教育部“博士研究生国家奖学金”

2015.12, 中华医学会糖尿病学分会全国学术会议优秀壁报奖

2015.11, 全国动物遗传育种学术讨论会优秀论文特等奖

2015.11, 吴常信动物遗传育种优秀论文奖


 研究领域:


团队组成:

孔思远(Pre-PI课题组长),李荣荣(科研助理),孔大帅(科研助理),卢宇曦(硕士,河南大学联培),常荣荣(硕士,河南大学联培),田蕴涵(硕士,青岛农大联培),李晨莹(硕士,青岛农大联培),王宇辉(硕士,太原理工联培)。


研究方向:

1. 高精度多组学技术研发及应用,为动物遗传育种研究提供新技术和新方法

阐明猪组织发育和细胞分化单细胞表观遗传异质性直接关联基因的三维转录调控功能、表观遗传机理还存在技术局限。突破技术瓶颈,开发高精度多组学(三维基因组学、单细胞多组学、单核小体组学、三代单分子测序)技术,解析和鉴定猪器官组织发育过程中的染色质高维结构、基因组调控元件高阶互作调控机制。为将来创制和完善与功能基因直接关联的单细胞精度全基因组选择智慧育种芯片提供方法创新和理论基础。

2. 家畜(猪)和模式动物(小鼠)的转录调控与细胞工程研究

猪多数器官组织来源的原代细胞及其分化、转分化后细胞数量稀少,为突破微量细胞技术瓶颈,发展微量三维基因组学、微量表观组学技术。建立猪系列原代细胞三维互作组资源(PIG Primary Cell 4D Interactome Plan(PC4D))。研究先锋转录因子和增强子RNA介导的基因组三维结构动态建立与调控。比较揭示猪和小鼠不同组织原代细胞及其转分化之间的表观调控差异和关系。

3. 畜禽肠道、土壤微生物宏基因组学技术研发及应用

当前微生物宏基因组技术产生了大量冗余序列无法归类到物种和菌株水平,为了补充完整的宏基因组组装技术缺陷,改良出高效、操作快捷、可广泛用于微生物组的辅助组装技术,为组装完整宏基因组提供技术支持。同时,利用该技术研究微生物水平的三维转录调控,拓展微生物转录调控新视野。


科研项目:

1. 国家自然科学基金委员会,青年项目,32202653,2023.01至2025.12,30万,在研,主持

2. 深圳市基础研究机构(孔思远团队),中国农业科学院深圳农业基因组所高层次人才Pre-PI启动经费,JCKY2020-26,2021.04至2024.4,135万,在研,主持

3. 中国博士后科学基金会,国家博士后创新人才支持计划,BX2021367,2021.05至2024.5,63万,在研,主持

4. 中国博士后科学基金会,中国博士后科学基金面上项目,2021M703543,2021.11至2024.11,8万,在研,主持

5. 广东省基础与应用基础研究基金委员会,广东省自然科学基金面上项目,2022A1515010766,2022.01至2024.12,10万,在研,主持

6. 深圳市科技创新委员会,深圳市优秀科技创新人才培养项目(博士基础研究启动),RCBS20210609104512021,2022.04至2024.04,30万,在研,主持

7. 岭南现代农业科学与技术广东省实验室深圳分中心,中国农业科学院深圳农业基因组研究所重点项目,2023.9至2026.8,100万,在研,子课题主持


 代表论著:


代表论文:

(† Co-first author,* Corresponding author or co-corresponding author)

1. Siyuan Kong†, Qing Li†, Gaolin Zhang†, Qiujia Li, Qitong Huang, Lei Huang, Hui Zhang, Yinghua  Huang, Yanling Peng, Baoming Qin, Yubo Zhang*. Exonuclease combinations reduce noises in 3D genomics technologies. Nucleic Acids Research, 2020, 48(8): e44. IF=14.9, JCR Q1

2. Siyuan Kong, Yubo Zhang*. Deciphering Hi-C: from 3D genome to function. Cell Biology and Toxicology, 2019, 35(1): 15-32. IF= 6.1, JCR Q1

3. Siyuan Kong, Jinxue Ruan, Leilei Xin, Junhua Fan, Wenjun Zhu, Jihan Xia, Li Li, Shulin Yang*, Kui Li. Type 2 diabetes model of minipig generated by multi-gene transgenic technology. Diabetes-metabolism Research and Reviews, 2015, 31(S1): 26-27. IF= 8.0, JCR Q1

4. Siyuan Kong†*, Rongrong Li†, Yunhan Tian, Yaqiu Zhang, Yuhui Lu, Qiaoer Ou, Peiwen Gao, Kui Li, Yubo Zhang*. Single-cell Omics: A New Direction for Functional Genetic Research in Human Diseases and Animal Models. Frontiers in Genetics, 2023, 4(13): 1100016. IF=3.7, JCR Q1

5. Siyuan Kong†, Yuhui Lu†, Shuhao Tan, Rongrong Li, Yan Gao, Kui Li, and Yubo Zhang*. Nucleosome- Omics: A Perspective on the Epigenetic Code and 3D Genome Landscape. Genes, 2022, 13(7): 1114. IF= 3.5, JCR Q2

6. Siyuan Kong†, Jinxue Ruan†, Kaiyi Zhang, Bingjun Hu, Yuzhu Cheng, Yubo Zhang, Shulin Yang*, Kui Li. Kill two birds with one stone: making multi-transgenic pre-diabetes mouse models through insulin resistance and pancreatic apoptosis pathogenesis. PeerJ, 2018, 6(5):e4542. IF= 2.7, JCR Q2

7. Siyuan Kong, Li Li, Wenjuan Zhu, Leilei Xin, Jinxue Ruan, Yubo Zhang, Shulin Yang*, Kui Li. Genetic characteristics of polycistronic system‑mediated randomly‑inserted multi‑transgenes in miniature pigs and mice. Molecular Medicine Reports, 2017, 17(1): 37-50. IF= 3.4, JCR Q3

8. Siyuan Kong, Jinxue Ruan, Leilei Xin, Junhua Fan, Jihan Xia, Zhiguo Liu, Yulian Mu, Shulin Yang*, Kui Li. Multi‑transgenic minipig models exhibiting potential for hepatic insulin resistance and pancreatic apoptosis. Molecular Medicine Reports, 2016, 13(1): 669-680. IF= 3.4, JCR Q3

9. Siyuan Kong†, Qitong Huang†, Yubo Zhang*. The Future of 3D Genomic Technology: Precision -omics. Gene Technology,2020, 9: 155. doi: 10.3524 8/2329-6682.20.9.155.特邀综述

10. Xiusheng Zhu†, Qitong Huang†, Lei Huang†, Jing Luo†,Qing Li, Dashuai Kong, Yi Gu, Xueyan Wang, Chenying Li, Biao Deng, Siyuan Kong*,Yubo Zhang*. MAE-seq refines regulatory elements across the genome. Nucleic Acids Research, 2023,in the second revision

11. Yuhui Wang†, Peiwen Gao†, Chenying Li, Yuxi Lu, Yu Zhou*, Yubo Zhang*, Siyuan Kong*. High-fidelity gut metagenome: A new insight of probiotics effects on gut microbiome. Journal of Integrative Agriculture, 2023, Under review.


代表专利:

1. 孔思远,张玉波,李晨莹,卢宇曦,杨金宝,潘玮华. 一种适用于微生物群体的宏基因组GutHi-C建库方法及应用. 发明专利,中国,审中. 申请号CN202310901421.0. 申请日20230721

2. 张玉波, 孔思远, 黄其通, 黄雷, 王秋雁, 白立景, 张高林, 钟学优. 一种高效的全基因组染色质构象技术eHi-C. 发明专利,中国,已授权. 专利号ZL201610995880.X. 授权日2019.08.20

3. 张玉波, 孔思远, 黄其通, 李琳, 黄雷, 白立景, 彭艳玲. 一种基于少量细胞全基因组染色质高分辨率构象技术eHi‑C2.0. 发明专利,中国,已授权. 专利号 ZL201710773996.3. 授权日2021.06.15

4. 张玉波, 孔思远, 张高林, 范磊, 黄其通, 李清, 黄雷, 彭艳玲. 一种消除三维基因组学技术噪音的方法及应用. 发明专利,中国,实质审查. 专利号CN201810589919.7. 申请日 2018.06.08

5. 杨述林, 孔思远, 阮进学, 辛磊磊, 李奎. 一种DNA分子及其在制备糖尿病鼠模型中的应用. 发明专利,中国,已授权. 专利号ZL201410189076.3. 授权日2016.02.24

6. 杨述林, 孔思远, 阮进学, 胡炳俊, 王超群, 程玉柱, 李奎. 一种在胰腺组织中特异性表达hDAP基因和DDIT3基因的载体及其应用. 发明专利,中国,已授权. 专利号ZL201410085411.5. 授权日2016.07.06



孔思远课题组更新于2023年9月


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