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研究平台

  

在我国测序市场发展十分迅速,以华大基因,贝瑞和康、诺和致源、天津芯片等一批公司为代表的公司承接了国内大部分科研测序任务。但是这些公司只能提供基本的、标准化的测序服务,并不能满足科学家们对于不同物种,不同实验要求的个性化需求。因此,全国的科研机构纷纷购进了测序仪,从事相关的测序工作任务,从而导致当前测序平台技术覆盖度比较低,相关的测序人才缺乏。为了改变这种局面,中国农业科学院2014年决定在深圳成立农业基因组研究所并创建了自己的测序平台如图1。

图1 测序平台现有测序仪器

测序平台以服务农业基因组学技术创新体系为核心,辐射作物、畜牧、资源与环境3大学科集群的科研需求,是“农业生物组学基本算法、农业生物大数据的云计算研究、农业动物全基因组设计育种方法与技术、动物功能基因组学、动物健康的基因组研究与监控、农业生物安全宏基因组学”等多个前沿研究方向的基础。

建设良好的测序平台是惠及多方向多学科多领域的重要共享举措。研究所测序平台现有IlluminaMiseqHiseq2500Hiseq3000HYK-PSTAR测序仪,如图2345。测序量每周可以达到2.5T的数据,相当于830个人类基因组数据,基本满足农业基因组大规模测序的通量要求。测序对象主要包括动物、植物和微生物。Illumina公司的新一代测序仪Hiseq 2000Hiseq 2500具有高准确性,高通量,高灵敏度,和低运行成本等突出优势,可以同时完成传统基因组学研究(测序和注释)以及功能基因组学(基因表达及调控,基因功能,蛋白/核酸相互作用)研究。

图2 MiSeq

图3 HiSeq 2500

图3 HiSeq 3000

图4 cBot

图5 HYK-PSTAR

 

条件建设处更新于2020年4月

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